Erzincan Üniversitesi, 1 Mart 2006 tarihinde 5467 sayılı kanun ile Erzincan'da kurulmuştur. Daha önce Erzurum Atatürk Üniversitesi'ne bağlı bulunan üniversite birimleri adı geçen kanunla Erzincan Üniversitesi çatısı altında toplanmıştır. Kuruluş tarihi yeni de olsa, fakülteleri oldukça köklüdür. Örnek olarak Eğitim Fakültesi, 4 Ekim 1967 tarihinde öğretim süresi üç yıl olan Kız İlköğretmen Okulu olarak açılmış ve daha sonra 1992 yılında 4 yıllık lisans eğitimi veren fakülteye dönüşmüştür, Hukuk Fakültesi ise 1987 yılında kurulmuştur.

Üniversite, kısa zamanda büyük işler başarmış olup kendini katlayarak gelişmeye devam etmektedir. Yeni dönemde Sivil Havacılık Yüksekokulu  kurulmuş olup 2010-2011 eğitim-öğretim döneminde eğitime başlamıştır. Ayrıca Türkiye'de sadece 2 üniversitede bulunan Raylı Sistemler Programlarından biri de bu üniversitede bulunmaktadır. (Diğeri Eskişehir Anadolu Üniversitesindedir.)

Üniversitenin yeni kampus alanı, Erzincan - Sivas karayolunun 12. kilometresinde Yalnızbağ Yerleşkesi olarak belirlenmiştir. Yeni yerleşke yüksek standartlara sahiptir. Ayrıca Yalnızbağ Yerleşkesine ek olarak bir mini kampus daha oluşturulmuştur. Burada ise Tıp Fakültesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü gibi sağlıkla ilgili akademik birimler yer almaktadır. Üniversite uluslararası alana da açılmış ve Avrupa Üniversiteler Birliği (European University Association), Karadeniz Üniversiteler Birliği (Black Sea Universities Network), Magna Charta ve Erasmus gibi programlara üye olmuştur.